由于學(xué)生少，導(dǎo)致農(nóng)村小規(guī)模學(xué)校的第二個困境是缺錢。

當(dāng)前體制下，義務(wù)教育階段公用經(jīng)費(fèi)按生均撥付，學(xué)生少，撥付的公用經(jīng)費(fèi)自然就少。維持學(xué)校正常運(yùn)轉(zhuǎn)所必須的辦公費(fèi)、水電費(fèi)、小型維修添置等都很困難，學(xué)校想要發(fā)展只能靠上級撥款。

盡管教師工資由財政全額撥款，但地方規(guī)定的獎勵性津補(bǔ)貼、改革性津補(bǔ)貼等還是需要學(xué)校自行承擔(dān)。學(xué)校只有公用經(jīng)費(fèi)這一項(xiàng)收入來源，無法兌現(xiàn)教師正常的工資待遇。加上退休教師也應(yīng)享受獎勵性津補(bǔ)貼，由于各種原因，農(nóng)村小規(guī)模學(xué)校退休教師偏多，有的甚至比在職教師多出一兩倍，更加重了學(xué)校的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。

同時，學(xué)校雖小，學(xué)生也少，但作為一個獨(dú)立的法人單位，學(xué)校的各項(xiàng)工作又必須按要求完成，因此，學(xué)校運(yùn)行的成本相對較高，學(xué)校更顯得捉襟見肘。

擺在農(nóng)村小規(guī)模學(xué)校面前的第三個困境是環(huán)境差。

首先是地理環(huán)境差，這些學(xué)校往往都地處交通不便的小山溝，很偏僻，缺少生氣，孩子上學(xué)、教師上班都不方便。

其次是家長環(huán)境差，有能力的家長想方設(shè)法把孩子轉(zhuǎn)到鎮(zhèn)區(qū)或城區(qū)上學(xué)，剩下的家長要么對孩子的教育不聞不問，要么是隔代教養(yǎng)，這些家長不懂教育不說，還動輒對學(xué)校、對教師橫挑鼻子豎挑眼。

第三是學(xué)習(xí)環(huán)境差，留在小規(guī)模學(xué)校的孩子由于家長的不重視等各種原因，面臨一個相對不利的學(xué)習(xí)環(huán)境，不僅表現(xiàn)在學(xué)業(yè)成績上，在行為習(xí)慣的養(yǎng)成上也同樣出現(xiàn)問題。

最后是社會環(huán)境差，社會各界(包括教育界內(nèi)部)和家長都對農(nóng)村小規(guī)模學(xué)校有一種偏見，認(rèn)為越小的學(xué)校越差，導(dǎo)致堅(jiān)守的教師自覺“低人一等”，學(xué)校和教師的各項(xiàng)話語權(quán)也相對較弱。一些地方教育行政部門將犯了錯誤(違紀(jì)違規(guī))的教師調(diào)到農(nóng)村小規(guī)模學(xué)校作為懲罰(處分)，或?qū)⑥r(nóng)村小規(guī)模學(xué)校中的優(yōu)秀教師調(diào)到城區(qū)學(xué)校作為獎勵等“隱性歧視”，也讓堅(jiān)守的農(nóng)村小規(guī)模學(xué)校教師感到寒心。

另外，接送學(xué)生的車輛現(xiàn)在一般都要求是國標(biāo)校車，但校車公司管理不到位，學(xué)校又無權(quán)無法干涉，導(dǎo)致校車司機(jī)可能“綁架”學(xué)校，按他接送的方便將招生片區(qū)內(nèi)的學(xué)生拉到其他學(xué)校，可能出現(xiàn)同一個塆的孩子、同一輛校車接送、在不同學(xué)校就讀的現(xiàn)象，使得小規(guī)模學(xué)校招生更困難。